成分方面
碘伏是单质碘与聚乙烯吡咯烷酮（PVP）的不定型结合物，主要成分是聚维酮碘，其中碘含量相对稳定。
碘酒也叫碘酊，是碘、碘化钾溶于酒精制成的溶液，主要成分是碘和碘化钾以及酒精。
性状方面
碘伏通常为红棕色的液体，稳定性相对较好，刺激性较小。
碘酒一般为红棕色的澄清液体，有碘与酒精的特殊气味，稳定性相对碘伏稍差，酒精的挥发性可能会影响其浓度。
消毒原理方面
碘伏利用碘元素的氧化作用来杀菌，其作用机制是碘可与细菌蛋白质结合，使其变性沉淀，从而起到杀菌消毒的效果，对细菌、病毒、真菌等都有杀灭作用。
碘酒同样是通过碘的氧化作用杀菌，碘与菌体蛋白质作用，使其变性沉淀，从而发挥杀菌功效，对多种病原体有杀灭作用，但对芽孢的作用相对较弱。
消毒效果方面
碘伏对皮肤黏膜刺激性小，可用于皮肤、黏膜的消毒，如手术部位皮肤消毒、注射部位皮肤消毒、口腔黏膜消毒等，而且对于一些敏感部位的消毒更具优势，比如新生儿脐带消毒等，因为其刺激性小，患儿相对更易耐受。
碘酒由于刺激性较强，一般不用于黏膜消毒，多用于皮肤表面较脏部位的初步消毒以及医疗器械的消毒等，不过因其杀菌力较强，在一些污染较严重的伤口消毒中也会用到，但使用后通常需要用酒精脱碘。
过敏反应方面
碘伏引起过敏反应的概率相对较低，过敏体质者也有可能对碘伏过敏，但相对少见。
碘酒引起过敏反应的概率相对较高，尤其是对碘过敏的人群绝对不能使用碘酒，在使用碘酒消毒前，对于有碘过敏史的患者需要特别注意，儿童如果有碘过敏风险，使用时更要谨慎评估。
应用场景方面
碘伏适用于广泛的场景，包括医疗机构内各种人员的皮肤消毒、伤口消毒，也适用于家庭中一般伤口的初步消毒等，由于其刺激性小，儿科领域应用较为普遍，比如小儿皮肤擦伤等情况的消毒。
碘酒主要用于一些特定的场景，如较为脏污的皮肤表面消毒、医疗器械的消毒等，在儿科中，由于其刺激性强，一般较少用于小儿的皮肤及黏膜消毒，除非是在一些特殊的、经过严格评估的污染较重伤口消毒，但要注意后续的脱碘等操作。