脑CT和脑核磁两者的不同点在于成像的原理不同，颅部CT的检查是通过X线进行扫描，有一定的辐射量，但是出片比较快，结果比较快。
磁共振的检查是通过磁场进行扫描，出片比较慢，但是没有任何的伤害，所以当患者怀孕或者备孕时可以做核磁方面的检查。如果是急性的脑血管病，比如在脑梗死的早期，核磁的显像比较早，在发病2小时以内就会对病灶有一定的反应，头部CT对于脑梗塞的显影比较慢，在发病的24-48小时后头部CT才会有显影。
对于脑出血，头部CT示更加敏感，出结果比较快，而核磁对于出血的现象不如CT敏感，对于后颅窝的病变，磁共振的检查更加精准。