月经干净后又流血的原因有多种。一般来说，可能与内分泌失调有关，比如黄体功能不全，这种情况约占月经周期异常原因的3% - 20%。
内分泌失调因素
黄体功能不全： 黄体是排卵后形成的结构，它能分泌孕激素。如果黄体功能不全，孕激素分泌不足，就会导致子宫内膜分泌反应不良，从而出现月经干净后又流血的情况。患者可能还会伴有月经周期缩短等表现。多囊卵巢综合征： 这是一种常见的内分泌代谢疾病，患者体内雄激素水平升高，会出现月经失调，表现为月经周期延长、月经稀发，也可能在月经干净后又有少量阴道流血。患者往往还伴有多毛、肥胖等症状。
子宫器质性病变因素
子宫肌瘤： 尤其是黏膜下子宫肌瘤，会影响子宫收缩，使子宫内膜面积相对增大，从而导致月经异常，出现月经干净后又流血的情况。肌瘤较小时可能没有明显症状，较大时可摸到腹部包块。子宫内膜息肉： 子宫内膜局部过度生长形成息肉，会引起子宫异常出血，包括月经干净后再次出血。患者可能会有经量增多、经期延长等表现。
其他因素
宫内节育器影响： 部分女性放置宫内节育器后，可能会出现月经紊乱，表现为月经干净后又流血。一般在放置节育器后的3 - 6个月内可能会逐渐适应，若长时间不适应可能需要取出节育器。排卵期出血： 有些女性在两次月经中间，即排卵期，会出现少量阴道流血，持续时间短，一般2 - 3天，最长不超过7天，这是因为雌激素水平短暂下降，子宫内膜失去激素支持而少量脱落引起的，属于正常生理现象，但也可能被误认为是月经干净后又流血。