囊肿的危害因部位不同而有所差异。比如肝囊肿，一般较小的肝囊肿通常没有明显危害，但如果囊肿较大（直径超过5厘米），可能会压迫周围组织，引起右上腹隐痛、腹胀等不适。
肝囊肿的危害
压迫周围组织： 较大的肝囊肿会对肝脏周围的胃肠道等组织产生压迫，导致患者出现消化不良、食欲减退等症状。例如，当肝囊肿直径大于5厘米时，这种压迫风险会明显增加。引发感染： 少数肝囊肿可能会发生感染，引起发热、腹痛等症状，严重时可能导致脓毒血症等严重并发症。
肾囊肿的危害
影响肾功能： 随着肾囊肿增大，会压迫肾实质，影响肾脏的正常滤过功能，长期可能导致肾功能减退。一般来说，当肾囊肿直径超过4厘米时，对肾功能的影响开始逐渐显现。导致血尿： 肾囊肿可能会破裂出血，从而引发血尿，表现为尿液颜色变红。如果出血较多，还可能引起腰部疼痛等不适。
卵巢囊肿的危害
引起腹痛： 卵巢囊肿可能会发生蒂扭转或破裂，引起急性腹痛。蒂扭转多见于中等大小、重心偏向一侧的囊肿，如成熟畸胎瘤，患者会突然出现一侧下腹剧痛，常伴有恶心、呕吐。影响生育： 较大的卵巢囊肿可能会影响卵巢的正常排卵和输卵管的拾卵功能，从而影响受孕，尤其是巧克力囊肿（子宫内膜异位囊肿），对生育的影响较为明显。