脑干梗塞一般不进行手术治疗，主要内科保守治疗，包括超早期溶栓治疗，超过溶栓治疗时间窗时，给予神经保护，改善血循环，保护线粒体，抗血管聚集治疗和康复治疗，并积极控制病因。
手术治疗临床上一般适用于大面积半球梗塞和较大的小脑梗塞。如果为大面积半球梗塞时，可以施行开颅减压术和部分脑组织切除术，以临时缓解颅内压升高，可以挽救患者生命。
大的小脑梗塞，当影响到脑干功能或引起脑脊液循环受阻时，可以施行后颅窝开颅减压术或直接切除部分脑梗死的小脑，以解除脑干的压迫，如果患者伴有脑积水或者是具有脑积水危险时，应进行脑室引流术。