囊肿和结节在本质、形态、好发部位等方面存在区别。首先，囊肿一般是含有液体或其他物质的封闭性囊状结构，结节则是组织内异常增生形成的小团块。
形态特点：
囊肿：通常边界比较清晰，形状多为圆形或椭圆形，里面填充的物质多样，比如有的是液体，像肝囊肿，B超下能看到边缘规整的液性暗区。结节：形态相对没那么规则，有的呈片状，有的是团块状，质地也不一样，有的硬有的软，比如甲状腺结节，有的超声表现为低回声结节。
好发部位：
囊肿：常见于肝脏、肾脏等器官，像肝囊肿较为多见，很多人体检时会发现；卵巢也容易长囊肿，比如巧克力囊肿。结节：可以出现在身体多个部位，甲状腺结节是临床很常见的，乳腺结节也不少见，肺部也可能有肺结节。
性质差异：
囊肿：大多是良性的，比如单纯性肾囊肿，一般生长缓慢，对身体影响较小，但如果囊肿过大可能会压迫周围组织。不过也有少数囊肿有恶变可能，像卵巢的囊腺瘤有一定恶变风险。结节：性质更复杂，有的结节是良性的，比如乳腺的纤维腺瘤结节；但有的结节可能是恶性的，像肺部的恶性结节也就是肺癌，甲状腺的恶性结节甲状腺癌等，需要进一步检查来明确其良恶性，比如通过穿刺活检等手段。