新生儿甲状腺功能低下主要由以下原因引起：
1.甲状腺不发育或发育不全：这是导致新生儿甲状腺功能低下最常见的原因。胎儿甲状腺的发育需要母体提供甲状腺素，若孕妇体内甲状腺素不足，会影响胎儿甲状腺的发育。
2.甲状腺素合成障碍：新生儿甲状腺功能低下也可能是由于甲状腺素合成过程中某些酶的缺乏或活性降低所致。
3.下丘脑-垂体病变：下丘脑分泌的促甲状腺激素释放激素（TRH）和垂体分泌的促甲状腺激素（TSH）对甲状腺的发育和功能起着重要的调节作用。下丘脑-垂体病变会导致TSH分泌减少，进而影响甲状腺的功能。
4.碘缺乏：碘是甲状腺合成甲状腺素的重要原料。孕妇碘摄入不足，会导致胎儿碘缺乏，影响甲状腺的发育和功能。
5.药物影响：某些药物，如抗甲状腺药物、锂剂等，可能会影响甲状腺的功能。
6.其他因素：新生儿窒息、感染、先天性畸形等也可能导致甲状腺功能低下。
需要注意的是，新生儿甲状腺功能低下如果不及时治疗，可能会影响智力和体格发育。因此，对于新生儿，尤其是早产儿，应常规进行甲状腺功能的筛查，以便早发现、早治疗。