小儿秋季腹泻是一种自限性疾病，一般无特效药物治疗，主要通过一般治疗、液体治疗和药物治疗等方法来缓解症状、缩短病程。具体治疗方法如下：
1.一般治疗：
调整饮食：以母乳喂养或人工喂养的患儿，可继续母乳喂养或喂食米汤、酸奶、脱脂奶等。6个月以上的患儿，可继续吃已习惯的平常饮食，如粥、面条、鸡蛋、蔬菜等，但加工要细、碎使之容易消化。避免在腹泻时添加新的辅助食品。
注意腹部保暖：患儿腹部要注意保暖，以减少肠蠕动，可以用热水袋对患儿腹部进行热敷，也可以让患儿服用一些微生态调节剂，如妈咪爱、丽珠肠乐、金双歧等，以调整肠道菌群。
2.液体治疗：
口服补液：如果患儿没有呕吐，可继续口服补液盐溶液，以补充丢失的水分和电解质。对于轻、中度脱水的患儿，ORS（口服补液盐）溶液是理想的选择。
静脉补液：如果患儿出现中、重度脱水，或无法口服补液，需要通过静脉输注补液。医生会根据患儿的具体情况，调整补液的种类和速度。
3.药物治疗：
黏膜保护剂：如果患儿腹泻较为严重，可以使用蒙脱石散等黏膜保护剂，覆盖肠道黏膜，减轻炎症和腹泻症状。
微生态调节剂：常用的有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌和粪链球菌等，可调整肠道菌群，抑制肠道有害菌生长，缓解腹泻症状。
肠黏膜收敛剂：如鞣酸蛋白，可减轻肠道炎症和收敛止泻。
抗病毒药物：如果是由轮状病毒等病毒感染引起的秋季腹泻，目前尚无特效的抗病毒药物。主要是对症治疗，缓解症状。
需要注意的是，在治疗小儿秋季腹泻的过程中，家长应密切观察患儿的病情变化，如精神状态、尿量、皮肤弹性等，以及腹泻的次数、量、性质等。如果患儿出现精神萎靡、尿量减少、皮肤干燥、高热等症状，应及时就医，以免延误病情。同时，要注意保持患儿的口腔清洁，及时更换尿布，预防尿布疹的发生。