儿童脑囊肿的原因目前尚不十分明确，可能与先天发育异常等多种因素有关。
先天发育异常因素
胚胎时期神经管发育异常： 在胚胎发育的早期，神经管的形成和闭合过程中出现异常，可能导致脑囊肿的产生。例如，在妊娠的前几周，神经管闭合不全等情况可能引发相关结构的发育畸形，进而形成脑囊肿。一般认为妊娠前3个月是神经管发育的关键时期，此阶段如果受到某些不良因素影响，就容易出现这种发育异常情况。蛛网膜发育异常： 蛛网膜在脑的发育过程中起着重要作用，如果蛛网膜发育出现异常，也可能导致脑囊肿。蛛网膜的异常增殖或局部蛛网膜下腔的异常扩张等，都可能逐渐形成脑囊肿。这种蛛网膜的发育问题可能是先天性的，从胎儿时期就已存在一定的病理基础。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 有研究发现，部分儿童脑囊肿可能与遗传因素有关。如果家族中有相关的遗传基因异常，那么后代患脑囊肿的风险可能会增加。虽然具体的遗传方式还不完全清楚，但一些基因的突变或异常可能影响脑的正常发育，从而导致脑囊肿的发生。不过，遗传因素导致儿童脑囊肿的情况相对不是最主要的，大部分脑囊肿还是以先天发育异常为主要原因。
其他可能因素
孕期不良环境因素： 孕妇在孕期如果接触到某些不良环境因素，也可能对胎儿脑的发育产生影响，增加儿童脑囊肿的发生几率。比如孕妇在孕期接触放射线，包括诊断用的X射线等，或者接触某些化学毒物，像一些有机溶剂等，都可能干扰胎儿脑的正常发育，导致脑囊肿等结构异常情况出现。另外，孕期母亲感染某些病毒，如风疹病毒等，也可能通过胎盘影响胎儿，增加胎儿脑发育异常进而出现脑囊肿的风险。