没来月经但有褐色分泌物的原因有多种，比如怀孕相关情况，像受精卵着床时可能会出现少量褐色分泌物，一般量很少。
怀孕相关情况
受精卵着床出血： 通常发生在受精后6 - 7天左右，受精卵着床时，少数女性会出现少量阴道出血，表现为褐色分泌物，量比较少，一般持续1 - 2天就会自行缓解。宫外孕： 也可能出现没来月经但有褐色分泌物的情况，宫外孕时胚胎着床在子宫以外的部位，随着胚胎的发育，会出现不规则阴道出血，多为褐色，量一般少于月经量，但可能会伴有腹痛等症状。
内分泌失调
多囊卵巢综合征： 患者体内激素水平紊乱，会出现月经紊乱，可能表现为没来月经但有少量褐色分泌物，同时还可能伴有多毛、肥胖、痤疮等表现，这种情况需要调节内分泌来改善。甲状腺功能异常： 甲状腺激素分泌异常也会影响月经，比如甲状腺功能减退，可能导致月经周期紊乱，出现褐色分泌物，同时还可能伴有乏力、怕冷、水肿等症状。
妇科疾病因素
宫颈炎： 宫颈受到炎症刺激，会出现阴道分泌物异常，可能表现为褐色分泌物，同时可能伴有性交后出血、白带增多等症状，妇科检查可以发现宫颈充血、水肿等表现。子宫内膜炎： 子宫内膜发生炎症时，也会出现阴道不规则出血，表现为褐色分泌物，还可能伴有下腹部疼痛、发热等症状，多见于流产后、产后或宫腔操作后。子宫肌瘤： 尤其是黏膜下子宫肌瘤，会影响子宫的收缩，导致月经异常，出现没来月经但有褐色分泌物的情况，还可能伴有月经量增多、经期延长等表现。