细菌感染和病毒感染在多个方面存在区别。首先从血常规表现来看，细菌感染时，通常白细胞总数会升高，中性粒细胞百分比也往往会增高；而病毒感染时，白细胞总数可能正常或降低，淋巴细胞百分比可能会升高。比如在一场大规模的社区感染调查中发现，约60%的细菌感染患者白细胞计数高于正常范围，而病毒感染患者中这一比例相对较低。
病因方面
细菌感染：细菌是单细胞生物，有多种形态，如球菌、杆菌等。像肺炎链球菌可引起肺炎，大肠杆菌能导致肠道感染等。细菌可以通过多种途径侵入人体，比如皮肤伤口、呼吸道、消化道等。例如皮肤有破损时，金黄色葡萄球菌就可能侵入引发局部感染。病毒感染：病毒比细菌小很多，结构简单，必须寄生在活细胞内才能生存繁殖。常见的有流感病毒引起流感，新冠病毒引发新冠肺炎等。病毒主要通过飞沫传播、接触传播等方式入侵人体，比如流感病毒主要通过空气中的飞沫传播，健康人吸入含有病毒的飞沫后就可能被感染。
症状表现差异
细菌感染：一般局部症状比较明显，常出现红、肿、热、痛等炎症表现。比如化脓性扁桃体炎，患者扁桃体部位会红肿，有脓性分泌物，局部疼痛明显，还可能伴有发热，体温可能会升高到38℃以上。而且细菌感染引起的发热往往持续时间较长，如果不进行有效的抗菌治疗，发热不容易消退。病毒感染：全身症状相对更突出。例如普通感冒，除了有鼻塞、流涕等呼吸道症状外，还常伴有全身乏力、头痛、肌肉酸痛等，发热一般是中低热，持续时间相对较短，如流感病毒引起的流感，发热可能持续3 - 5天左右。
治疗药物不同
细菌感染：主要使用抗生素来治疗，常见的有青霉素类，如阿莫西林；头孢菌素类，像头孢克肟；大环内酯类，例如阿奇霉素等。抗生素通过抑制细菌细胞壁合成、影响细菌蛋白质合成等方式来杀灭细菌或抑制其生长繁殖。病毒感染：通常使用抗病毒药物，如奥司他韦可用于治疗流感病毒感染，阿昔洛韦能对抗疱疹病毒等。抗病毒药物作用机制多是干扰病毒核酸的合成等过程来发挥抗病毒作用，但病毒感染有时也有一定自限性，病情较轻的病毒感染可能仅通过自身免疫力就能恢复，此时可能不需要过度依赖抗病毒药物。