亚甲炎的处理需根据具体情况来定。
症状较轻者
若症状较轻，以休息为主，多数可自行缓解。要注意观察病情变化，保证充足睡眠，让身体有较好的恢复状态。
疼痛较明显者
疼痛明显时可考虑使用非甾体抗炎药，如阿司匹林等，来减轻疼痛和炎症，但需关注药物可能带来的胃肠道等方面影响，特殊人群如老年人、有胃肠道疾病史者使用需谨慎。
甲状腺功能亢进期
此期若有相应症状，一般采取对症支持治疗，因为多数是一过性的，通常不需要抗甲状腺药物治疗，密切监测甲状腺功能变化。
甲状腺功能减退期
少数患者会出现短暂甲状腺功能减退，若有明显甲减症状，可适当给予左甲状腺素短期替代治疗，同时定期复查甲状腺功能，根据结果调整治疗方案，特殊人群如孕妇等使用时更要谨慎评估。