二甲双胍是常用的降糖药物，约有5% - 30%的患者在服用初期可能出现胃肠道副作用，比如服药后1 - 2周内可能出现恶心、呕吐、腹泻、腹痛等症状。随着用药时间延长，部分人的胃肠道不适会逐渐减轻。
胃肠道方面的副作用
消化道不适： 最常见的就是恶心，有些患者服药后会感觉胃部有不适感，不想吃东西；还有些人会出现腹泻症状，每天可能会有2 - 3次稀便，但一般不会很严重。不过也有少数人腹泻比较频繁，这时候就需要咨询医生调整用药。食欲影响： 部分人服用二甲双胍后食欲会受到影响，食量较之前减少，不过一般也是短期的，随着身体对药物的适应，食欲会慢慢恢复。
维生素B12缺乏相关副作用
影响造血和神经： 长期服用二甲双胍可能会干扰维生素B12的吸收，大约有7%的患者会出现维生素B12水平下降的情况。维生素B12缺乏可能会影响造血功能，导致巨幼细胞贫血；还可能引起神经病变，出现手脚麻木、感觉异常等症状。不过通过检测维生素B12水平，必要时补充维生素B12可以改善这种情况。
乳酸酸中毒相关副作用（较为罕见但需重视）
发生概率低： 乳酸酸中毒是二甲双胍比较严重的副作用，但发生概率很低，大约每10万人中每年有0.03 - 0.06例发生。主要是在一些特殊情况下容易诱发，比如患者存在肾功能不全时，二甲双胍排泄减少，容易在体内蓄积，增加乳酸酸中毒风险；还有在进行大手术、严重感染、缺氧等情况时，也可能诱发乳酸酸中毒。乳酸酸中毒的表现为乏力、呼吸深快、腹痛、神志模糊等，一旦出现需立即就医。
其他可能的副作用
体重变化： 有些患者服用二甲双胍后体重会有所下降，这是因为二甲双胍可以减少肠道对葡萄糖的吸收，增加外周组织对葡萄糖的利用，从而起到一定的减重作用，但一般体重不会下降过多。不过也有少数人用药后体重没有明显变化。低血糖风险： 单独服用二甲双胍一般不会引起低血糖，但如果和其他降糖药物联合使用时，就可能增加低血糖的发生风险，这时候需要注意监测血糖，根据血糖情况调整用药。