九价疫苗常见的不良反应主要体现在局部和全身方面。一般来说，接种九价疫苗后，约10% - 30%的人会出现局部不良反应。
局部不良反应情况
注射部位疼痛：接种后数小时至1 - 2天内，注射部位可能会有疼痛感，这种疼痛大多比较轻微，一般不需要特殊处理，1 - 3天可自行缓解。注射部位红肿：部分人接种后注射部位会出现红肿，红肿范围通常较小，直径一般在2 - 5厘米左右，同样多数在1 - 3天内逐渐消退。
全身不良反应表现
发热：接种后可能出现发热症状，一般为低热，体温多在37.1 - 38.5℃之间，这种低热通常会在1 - 2天内自行消退。不过也有少数人可能出现中度发热，体温在38.6 - 39℃之间，但这种情况相对较少见。疲劳乏力：有些接种者会感觉全身乏力、疲倦，可能影响日常的工作和生活，但一般程度较轻，经过适当休息后可逐渐缓解。
特殊人群的不良反应特点
青少年与年轻女性：青少年接种九价疫苗后，不良反应的发生情况与其他人群类似，但可能需要关注接种后的身体反应变化。年轻女性在月经周期等特殊时期接种，不良反应出现的概率和表现通常不会有明显特殊变化，但个别人可能会因自身身体状态略有不同。过敏体质者：过敏体质的人接种九价疫苗后，出现不良反应的风险相对较高，除了可能出现常见的局部和全身反应外，更有可能出现严重的过敏反应，如过敏性皮疹、呼吸困难等，一旦出现需立即就医进行处理。