刷完牙还口臭可能由多种原因导致，比如口腔局部问题，大约有60%以上的口臭是由口腔因素引起的。
口腔局部因素导致
牙齿问题： 龋齿（蛀牙）就是常见原因之一，食物残渣容易嵌塞在龋洞内，经过细菌发酵就会产生异味。比如长期不处理的深龋，细菌在里面大量繁殖，即使刷了牙，异味仍难消除。牙周疾病： 像牙龈炎、牙周炎，牙龈会红肿出血，牙周袋内有大量细菌滋生，这些细菌代谢会产生有臭味的物质，刷牙后也不能立刻把臭味清除干净。比如重度牙周炎患者，口臭问题往往比较顽固。
胃肠道问题引发
消化不良： 当出现消化不良时，食物在胃肠道内停留时间过长，容易发酵产生异味，然后通过食管反流到口腔，导致刷牙后仍有口臭。一般有消化不良的人，还可能伴有腹胀、早饱等症状。幽门螺杆菌感染： 感染幽门螺杆菌的人，胃部会有炎症，细菌代谢会产生含硫气体，这些气体也可能从口腔排出，造成刷完牙还有口臭。据统计，约50% - 90%的幽门螺杆菌感染者有口臭问题。
其他全身性因素
呼吸道疾病： 比如鼻窦炎、支气管炎等，呼吸道产生的分泌物带有异味，也可能会导致口臭。像鼻窦炎患者，鼻窦内的脓性分泌物会散发出臭味，即使刷牙也不能完全掩盖。糖尿病： 糖尿病患者血糖控制不佳时，身体会代谢紊乱，可能会出现酮症酸中毒，这时呼出的气体就会有烂苹果味，刷牙后也能闻到。