发烧身上疼痛多是因为身体感染病原体后，免疫系统被激活，释放如前列腺素等致痛物质，同时身体代谢加快，乳酸堆积等。比如流感病毒感染引起的发烧，约30% - 50%的患者会出现全身肌肉酸痛等疼痛症状。
感染性疾病导致
病毒感染：像流感病毒、EB病毒等引起的发烧，病毒在体内复制繁殖，会刺激机体产生炎症反应，进而让身体感觉疼痛。例如流感病毒感染后，除了发烧，还常伴有全身关节、肌肉酸痛，头痛等情况。细菌感染：当细菌入侵人体引发感染发烧时，细菌产生的毒素等会影响神经末梢，导致疼痛。比如肺炎链球菌引起肺炎导致发烧，患者会感到胸部疼痛、肌肉酸痛等。
非感染性疾病相关
自身免疫性疾病：像类风湿关节炎活动期，本身就会有发热、关节疼痛等表现。这类疾病是自身免疫系统错误攻击自身组织，导致身体出现炎症反应，引起发烧和疼痛。中暑：在高温环境下中暑时，体温调节紊乱出现发烧，同时身体散热困难，代谢异常，会让肌肉痉挛，产生疼痛。比如长时间在烈日下暴晒后中暑，会觉得全身酸痛、头晕发烧。
身体代谢变化因素
发烧时代谢加快：体温每升高1℃，基础代谢率大约提高13%。代谢加快会使肌肉中乳酸等酸性物质堆积，从而引起肌肉酸痛。就好比剧烈运动后乳酸堆积会肌肉酸痛一样，只是发烧时是身体自身代谢异常导致的。水分流失影响：发烧时身体通过出汗等方式散热，会丢失较多水分和电解质，这也可能导致肌肉等组织功能紊乱，出现疼痛感觉。比如水分丢失过多时，肌肉可能会痉挛疼痛。