5岁小儿磨牙的原因主要有以下几点：
肠道寄生虫：蛔虫产生的毒素刺激肠道，会使肠道蠕动加快，引起消化不良，脐周疼痛，睡眠不安；如果毒素刺激神经，致使神经兴奋，而导致磨牙。
精神因素：白天过度兴奋或过度紧张、入睡前玩耍过度，致使入睡后神经系统仍处于兴奋状态，也会磨牙。
牙齿发育不良：牙齿排列不齐，咀嚼肌用力过大或长期用一侧牙咀嚼，以及牙齿咬合关系不好，发生颞下颌关节功能紊乱，也会引起夜间磨牙。
营养不均衡：有些孩子有挑食的习惯，特别是不爱吃蔬菜，形成营养不均衡，导致钙、磷、各种维生素和微量元素缺乏，引起晚间面部咀嚼肌的不自主收缩，牙齿便来回磨动。
其他因素：换牙期牙齿发育不良、佝偻病、胃酸分泌过多、遗传因素等都可能导致小儿磨牙。
需要注意的是，磨牙可能会影响孩子的牙齿和口腔健康，长期磨牙还可能影响孩子的面部肌肉和骨骼发育。如果孩子经常磨牙，家长应及时带孩子就医，进行相关检查和治疗。同时，家长也可以通过调整孩子的饮食、作息时间等方式来缓解磨牙症状。