龟头臭可能由多种原因引起，如个人卫生不佳、包皮龟头炎、尿道炎等。
个人卫生不佳
若不经常清洗阴茎和龟头，局部皮肤脱落的角质细胞、汗液、污垢等混合，时间久了就会产生异味。尤其是包皮过长者，包皮内板分泌的皮脂若不能及时清理，更容易积聚形成包皮垢，进而导致异味产生。这种情况在青春期雄激素分泌旺盛、皮脂腺分泌活跃的人群中较为常见。
包皮龟头炎
细菌、真菌等病原体感染可引发包皮龟头炎。常见的细菌如大肠杆菌等，真菌如白色念珠菌等。炎症会导致局部出现红肿、疼痛、瘙痒，还会伴有异常分泌物，从而产生臭味。糖尿病患者由于血糖控制不佳，局部抵抗力下降，更容易发生包皮龟头炎并出现异味。
尿道炎
尿道炎可由淋病奈瑟菌、沙眼衣原体等病原体感染引起。炎症会导致尿道分泌物增多，这些分泌物可能会污染龟头，进而产生臭味。性生活活跃的人群，尤其是有不洁性行为者，患尿道炎的风险较高，更容易出现龟头臭的情况。
其他原因
如不透气的内裤材质，长时间穿着会使局部环境潮湿，有利于细菌等微生物滋生，也可能导致龟头产生臭味。此外，泌尿系统结石等疾病，若存在尿液反流等情况，也可能间接引起龟头出现异味。