怀孕三个月做药流存在较多危害。一般来说，怀孕三个月时胎儿已较大，药流完全流产率相对较低，可能只有约70%左右，很容易出现药流不全的情况。
药流不全的风险
出血时间长： 如果药流不全，宫腔内有残留组织，会导致阴道出血时间延长，可能长达10天以上，甚至更久，长时间出血容易引发贫血，还增加了宫腔感染的风险。宫腔感染： 残留的组织在宫腔内停留，容易滋生细菌，引起子宫内膜炎、盆腔炎等宫腔感染性疾病，严重时可能会影响以后的生育功能。
对子宫的损伤
子宫修复受影响： 怀孕三个月时子宫已经增大较明显，药流后子宫需要较长时间来恢复，药流不全等情况会干扰子宫的正常修复过程，可能导致子宫复旧不良，出现子宫收缩不良等问题。增加子宫穿孔风险： 如果因为药流不全需要进行清宫手术，怀孕三个月时子宫位置、大小等发生了变化，清宫时发生子宫穿孔的风险比早期药流清宫时更高。
对再次妊娠的影响
不孕风险增加： 多次宫腔操作（如药流不全清宫等）会损伤子宫内膜，使子宫内膜变薄，影响受精卵着床，从而增加不孕的几率。而且宫腔感染等情况也可能影响输卵管等生殖器官的功能，进一步影响受孕。妊娠并发症风险升高： 曾经有过怀孕三个月药流经历的女性，再次妊娠时发生胎盘粘连、胎盘植入等妊娠并发症的风险会有所升高，对母婴健康都有较大威胁。