低烧头疼眼睛疼可能是多种疾病的症状，需要综合考虑患者的具体情况进行诊断。以下是一些可能的原因：
1.感染性疾病：
病毒感染：如普通感冒、流感、新冠病毒感染等，病毒感染可引起低烧、头疼和眼睛疼。
细菌感染：如肺炎、脑膜炎、鼻窦炎等，细菌感染也可能导致这些症状。
其他感染：如寄生虫感染、真菌感染等也可能引起类似症状。
2.自身免疫性疾病：
系统性红斑狼疮：这是一种自身免疫性疾病，可累及多个系统和器官，包括关节、皮肤、肾脏、血液系统等，常伴有低烧、头疼、关节痛、皮疹等症状。
其他自身免疫性疾病：如类风湿关节炎、干燥综合征等也可能出现类似症状。
3.中枢神经系统疾病：
脑炎或脑膜炎：感染、免疫反应等原因可导致中枢神经系统炎症，出现低烧、头疼、恶心、呕吐、颈项强直等症状。
脑血管疾病：如脑梗死、脑出血等也可能引起头疼和眼部症状。
4.眼部疾病：
结膜炎、角膜炎等眼部感染可导致眼睛疼痛。
青光眼：眼压升高可引起头疼和眼睛疼。
其他眼部问题：如干眼症、近视等也可能出现眼部不适。
5.其他原因：
药物副作用：某些药物可能引起低烧、头疼和眼睛疼。
内分泌疾病：如甲状腺功能亢进等可导致代谢异常，引起全身不适。
恶性肿瘤：某些恶性肿瘤也可能出现低烧、头疼等症状，但这种情况相对较少见。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体诊断需要结合患者的病史、症状、体征、实验室检查等综合判断。如果出现低烧头疼眼睛疼的症状，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以便明确病因并采取相应的治疗措施。同时，在等待就医期间，患者应注意休息、多喝水，避免过度劳累和用眼过度。