三个月宝宝打呼噜可能是正常的生理现象，也可能是疾病导致，具体分析如下：
1.正常的生理现象：
气道结构：三个月的宝宝气道比较狭窄，喉部有会厌软骨，呼吸时会组织气流通过，就可能产生呼噜声。
睡眠姿势：宝宝如果仰卧，舌头根部会轻度后坠，也可能出现呼吸呼噜呼噜的声音。
分泌物：宝宝的鼻腔、口腔等部位可能有分泌物，呼吸时分泌物震动，也会出现呼噜声。
2.疾病：
上呼吸道感染：宝宝患感冒、扁桃体炎、腺样体肥大等上呼吸道感染时，会导致局部黏膜充血、肿胀，分泌物增多，引起气道狭窄，出现打呼噜的症状。
喉软化症：是一种先天性疾病，由于喉部组织软弱松弛，吸气时组织塌陷，喉腔变小，导致气道狭窄，出现呼噜声。
其他：如肺炎、先天性喉喘鸣等，也可能导致宝宝打呼噜。
如果宝宝打呼噜持续时间较长、声音较大、伴有呼吸急促、呼吸困难等症状，需要及时就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。
在治疗期间，家长需要注意保持宝宝的鼻腔清洁，及时清理鼻腔分泌物。同时，要让宝宝侧卧或俯卧，以减轻打呼噜的症状。此外，可适当给宝宝喂一些温水，保持呼吸道湿润。饮食上可适当增加富含维生素C、维生素E的食物，如蔬菜、水果等，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，如辣椒、油炸食品等。