肠镜能检查出多种肠道疾病。一般来说，肠镜检查可以在10~30分钟内完成（具体时间因个体情况而异），它能发现肠道内多种病变。
能查出肠道炎症性疾病
溃疡性结肠炎：肠镜下可见肠黏膜充血、水肿、糜烂，血管纹理模糊等表现，还可能观察到溃疡形成，溃疡多为浅溃疡，形状不规则。克罗恩病：肠镜下可见肠道黏膜呈铺路石样改变，病变呈节段性分布，肠腔可能有狭窄等情况，能看到纵行溃疡或匐行性溃疡。
能查出肠道息肉
腺瘤性息肉：这是一种常见的肠道息肉，肠镜下可看到单个或多个表面光滑或呈分叶状的隆起，颜色多与周围黏膜相近或稍红。炎性息肉：多是由于肠道炎症刺激引起，肠镜下表现为黏膜充血水肿基础上的小隆起，一般比较小，形态相对规则。
能查出肠道肿瘤性疾病
结肠癌：肠镜下可见肠腔内有菜花样、溃疡型或浸润型的肿物，肿物边界不清，表面可有糜烂、出血等情况。直肠癌：在肠镜下能看到直肠部位有肿瘤生长，可能堵塞肠腔，肿瘤表面不光滑，触之易出血，通过肠镜还能取组织进行病理检查以明确肿瘤的良恶性。
能查出肠道寄生虫感染
如果肠道内有寄生虫，比如蛔虫、绦虫等，肠镜下可以直接观察到虫体或者虫体的痕迹，有助于明确寄生虫感染的情况，从而采取相应的治疗措施来清除肠道内的寄生虫。