多发性皮脂腺囊肿的病因目前尚未完全明确，但一般认为与以下因素有关。首先，遗传因素可能起到一定作用，有研究发现部分多发性皮脂腺囊肿患者存在一定的家族遗传倾向，但具体的遗传模式尚不十分清晰。
毛囊皮脂腺导管异常
导管角化过度： 毛囊皮脂腺导管的上皮细胞如果发生过度角化，会导致导管口径变小、狭窄或阻塞，使得皮脂腺分泌物排出受阻，从而淤积形成囊肿。例如，青春期时由于激素水平变化，皮脂腺分泌旺盛，此时导管角化过度的情况相对更容易发生，进而增加了多发性皮脂腺囊肿的发病风险。导管堵塞： 一些外在因素也可能导致导管堵塞，比如皮肤受到外伤、感染等刺激，会引起导管周围组织的炎症反应，进而影响导管的正常通畅性，促使皮脂腺囊肿形成。
皮脂腺分泌旺盛
激素水平影响： 雄激素水平升高是导致皮脂腺分泌旺盛的重要因素之一。青春期时，体内雄激素分泌增加，会使皮脂腺增大、分泌功能亢进，过多的皮脂如果不能正常排出，就容易形成囊肿。女性在月经周期前后，激素水平波动较大，也可能出现皮脂腺分泌相对旺盛的情况，增加发病几率。饮食因素： 长期食用高糖、高脂类食物，也会刺激皮脂腺分泌更多皮脂。比如经常大量摄入巧克力、油炸食品等，会使皮脂腺分泌功能活跃，从而为多发性皮脂腺囊肿的形成创造条件。
感染因素
细菌感染： 皮肤表面的葡萄球菌等细菌如果侵入皮脂腺导管，可能会引起导管周围的炎症反应，进一步加重导管的堵塞情况，促进皮脂腺囊肿的发生和发展。例如，皮肤卫生状况较差时，细菌更容易滋生，增加感染的机会。炎症刺激： 一旦发生皮脂腺囊肿，局部的炎症刺激会使囊肿周围组织出现红肿、疼痛等症状，而且炎症还可能导致囊肿不断增大或反复发作，形成多发性的情况。如果囊肿发生继发感染，还可能出现化脓等更严重的表现。