菌株组成差异
双歧杆菌三联活菌片主要含有长型双歧杆菌、嗜酸乳杆菌和粪肠球菌。
双歧杆菌四联活菌片包含婴儿双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌和蜡样芽孢杆菌。
作用机制及功效侧重
双歧杆菌三联活菌片：通过补充上述三种有益菌，调节肠道菌群平衡，改善肠道功能，对于因肠道菌群失调引起的腹泻、便秘等有一定调节作用，在维持肠道正常生理功能方面发挥作用，例如对肠道内环境的酸碱平衡、营养物质的消化吸收等起到调节作用，其作用主要基于所包含的三种菌株对肠道微生态的调整。
双歧杆菌四联活菌片：由于包含蜡样芽孢杆菌等菌株，除了调节肠道菌群外，蜡样芽孢杆菌在肠道内可以消耗氧气，创造厌氧环境，更有利于肠道有益菌的生长繁殖，进而更好地调节肠道菌群，对肠道菌群失调相关疾病的调节范围可能相对更广泛一些，在改善肠道功能、促进营养物质吸收等方面也有作用，但具体功效因个体肠道状况等因素会有所不同。
适用人群及注意事项
适用人群方面：两者在一般人群的肠道菌群失调相关疾病的治疗上都有一定应用，但对于特殊人群，如儿童、老年人、孕妇等，需要根据具体情况考虑。儿童使用时，由于其肠道功能发育尚未完全成熟，相对来说需要更谨慎评估，因为不同菌株在儿童体内的适应性等可能存在差异；老年人肠道功能本身有所减退，使用时也需要关注菌株对其肠道的调节效果及安全性。
注意事项：两者都需要注意保存条件，一般需要冷藏保存以保持菌株的活性。在使用时都要避免与抗菌药物同时服用，以免影响菌株活性，但如果病情需要同时使用，需要间隔一定时间服用。另外，不同人群在使用时，要考虑其肠道基础状况，比如有严重肠道疾病的患者，使用时最好在医生指导下进行，因为其肠道病变可能影响菌株的定植和发挥作用等。