支原体和衣原体感染的症状因感染部位不同而有所差异。比如泌尿生殖道感染支原体、衣原体时，男性可能出现尿道刺痒、灼热感，伴有不同程度的尿频、尿急、尿痛，尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少，为浆液性或脓性，长时间不排尿或晨起首次排尿前，可见尿道口分泌物污染内裤；女性泌尿生殖道感染后，可能出现白带增多、混浊，子宫颈水肿、充血或表面糜烂，阴道及外阴瘙痒等。
呼吸道感染症状表现
支原体肺炎：起病较缓慢，最初可能有全身不适、乏力等症状，之后出现发热，体温可达38℃左右，可持续2-3周，伴有咳嗽，多为刺激性干咳，有时像呛咳，咳嗽可持续较长时间，可达数周。衣原体肺炎：儿童感染衣原体肺炎时，起病相对缓慢，一般先有上呼吸道感染症状，如鼻塞、流涕等，之后出现咳嗽，咳嗽较为剧烈，可持续数周，部分患儿可能伴有发热，但热度一般不高。
泌尿生殖道感染症状特点
男性非淋菌性尿道炎：除了前面提到的尿道刺痒、灼热感、尿频、尿急、尿痛、尿道口轻度红肿、分泌物稀薄等症状外，有的患者还可能出现合并附睾炎，表现为附睾肿大、疼痛、触痛明显等。女性非淋菌性泌尿生殖道炎：除了白带增多、混浊，子宫颈水肿、充血或表面糜烂，阴道及外阴瘙痒等，若感染上行，可能引起盆腔炎等，出现下腹部疼痛、性交痛、月经紊乱等症状，还可能影响生育，导致输卵管粘连、阻塞等，增加不孕或宫外孕的风险。
其他部位感染症状情况
眼部感染：衣原体感染可能引起沙眼，急性期症状包括畏光、流泪、异物感，较多黏液或黏液脓性分泌物；慢性期可能有眼痒、异物感、干燥和烧灼感等，还可能出现眼睑结膜滤泡形成、角膜血管翳等，严重的可能影响视力。咽部感染：支原体、衣原体感染咽部时，可能出现咽部不适、疼痛、咽干等症状，有时可伴有咳嗽，但相对呼吸道感染时的咳嗽症状较轻。