皮下囊肿手术的费用一般在1000-3000元左右，具体费用与以下因素有关：
1.手术方式：皮下囊肿手术的方式有多种，如传统手术、微创手术等，不同的手术方式费用也不同。
2.囊肿大小：囊肿的大小会影响手术的难度和时间，进而影响费用。
3.医院级别：不同级别的医院收费标准也不同，一般来说，级别越高的医院费用越高。
4.地区差异：不同地区的医疗费用也存在一定的差异。
需要注意的是，以上费用仅供参考，具体费用还需要以当地医院的实际收费为准。在进行手术前，建议咨询医生，了解手术的具体情况和费用，并根据自己的经济情况做出合理的选择。