皮下囊肿形成的原因有多种。一般来说，皮下囊肿是由于皮肤附件结构异常增生等因素导致的。比如毛囊、汗腺等结构发生变化，使得分泌物潴留等情况出现，从而形成囊肿。
毛囊堵塞相关
皮脂腺囊肿：这是比较常见的一种皮下囊肿，多因皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀而形成潴留性囊肿。皮脂腺分布广泛，像面部、背部等部位都可能发生。当皮肤表面的皮脂腺导管被角质物、灰尘等堵塞时，皮脂无法正常排出，就会在局部聚集形成囊肿。毛发囊肿：与毛囊结构异常有关，它起源于生长期毛发的峡部或围绕退化期和静止期毛发的外毛根鞘。毛发囊肿可单发或多发，通常为1 - 2毫米大小的小囊肿，好发于头皮等部位。
皮肤损伤后修复异常
表皮 Inclusion 囊肿：多因外伤（如手术、擦伤、穿刺伤等）将表皮植入皮下而形成。比如皮肤受到外力摩擦、划伤后，表皮细胞植入到皮下组织，然后不断增殖，逐渐形成囊肿。这种囊肿可以发生在身体任何部位，大小不一。外伤性囊肿：除了表皮植入导致的囊肿外，一些其他的皮肤损伤后，局部组织修复过程中也可能出现异常，形成囊肿。例如局部受到挤压伤后，组织修复过程中可能会出现囊性改变。
先天性因素
皮样囊肿：属于先天性疾病，是由于胚胎发育时期，外胚层的一些组织残留于皮下而逐渐形成的囊肿。皮样囊肿通常在出生时就可能存在，也可能在儿童或青少年时期被发现，好发于眼周、鼻根、枕部等中线部位，一般为圆形或椭圆形，质地较硬。鳃裂囊肿：是先天性鳃裂残余组织所形成的囊肿，根据鳃裂来源不同，可发生在不同部位，如颈侧部等，多为单发，大小不等，生长缓慢。