人工授精可能存在一些坏处，比如受孕成功率并非百分百，存在一定失败风险；可能出现卵巢过度刺激综合征，表现为腹胀、腹痛、胸水、腹水等；还可能引发感染，如生殖道感染等情况；另外，多胎妊娠风险增加，多胎妊娠会带来早产、低体重儿等一系列母婴健康问题。
受孕成功率有不确定性
人工授精的整体受孕成功率不是绝对的，受到多种因素影响，像女性的年龄、输卵管情况、排卵情况等，即便进行了人工授精操作，也有可能无法成功受孕，需要多次尝试，给患者带来心理和经济上的双重压力。
可能引发卵巢过度刺激综合征
在人工授精过程中，使用促排卵药物可能会导致卵巢过度刺激综合征。对于年龄较轻、卵巢反应性较好的女性来说，这种风险相对更高一些，会出现身体不适症状，影响生活质量。
存在感染风险
人工授精操作过程中，如果操作不规范或者女性自身生殖道存在一些潜在感染因素，就有可能引发生殖道感染，出现阴道分泌物异常、腹痛等感染相关症状，需要及时进行处理。
多胎妊娠风险增加
人工授精相对自然受孕而言，多胎妊娠的发生率会有所升高。多胎妊娠对母亲和胎儿都有不良影响，母亲在孕期发生妊娠高血压、妊娠糖尿病等并发症的风险增加，胎儿出现早产、低体重、发育不良等问题的概率也会增大。