酪酸梭菌活菌散副作用较少见，多数人用药后耐受性良好，但也有个别情况需关注。
胃肠道方面
少数人可能出现轻度消化道不适，如服用后偶有轻度腹胀感，这可能与药物对肠道菌群短暂调节有关，一般不影响继续用药，多数可自行缓解。
过敏反应
极个别敏感体质者可能对酪酸梭菌活菌散中的成分过敏，表现为皮肤瘙痒、皮疹等，若出现此类情况需立即停药并就医。
特殊人群情况
- 儿童：儿童使用时相对成人更需谨慎观察，由于儿童消化系统等发育尚不完善，用药后需留意是否有与成人不同的反应，如出现异常消化道症状应及时咨询医生。
- 老年人：老年人肝肾功能有所减退，使用酪酸梭菌活菌散时，需密切关注自身胃肠道反应及是否出现过敏迹象，因为肝肾功能变化可能影响药物代谢和机体对药物的反应。
酪酸梭菌活菌散总体安全性较好，但在使用过程中仍需根据自身情况留意身体反应，如有异常及时采取相应措施。