新生儿血氧饱和度低的原因较为复杂，主要包括以下几个方面：
1.肺部疾病：新生儿的肺部发育尚未完全，容易出现肺部感染、呼吸窘迫等问题，导致氧气摄入不足，血氧饱和度降低。
2.心脏疾病：一些先天性心脏病，如室间隔缺损、动脉导管未闭等，会导致心脏血液分流，影响氧气的输送和利用，从而引起血氧饱和度降低。
3.贫血：新生儿在出生后的早期可能会出现生理性贫血，血红蛋白含量降低，也会影响氧气的运输和供应，导致血氧饱和度降低。
4.窒息：胎儿在娩出过程中可能会发生窒息，导致缺氧，进而引起血氧饱和度降低。
5.其他因素：如体温过低、低血糖、酸中毒等，也可能影响新生儿的氧气供应和利用，导致血氧饱和度降低。
需要注意的是，新生儿血氧饱和度低可能会对其健康造成严重影响，甚至危及生命。因此，一旦发现新生儿血氧饱和度低，应立即采取相应的治疗措施，如给氧、纠正酸中毒、抗感染等。同时，需要密切监测新生儿的生命体征和血气分析结果，以便及时调整治疗方案。如果新生儿血氧饱和度持续降低或出现其他异常情况，可能需要进一步的检查和治疗，如心脏超声、血气分析等，以明确病因并采取针对性的治疗措施。