目前针对多发性肝囊肿本身并没有特效的药物治疗。如果囊肿较小且无症状，通常无需药物治疗，定期随访观察即可。若囊肿合并感染，可能会使用抗生素等药物，但这也只是针对感染的对症处理，并非针对囊肿本身。
囊肿较小无症状时
当多发性肝囊肿体积较小，没有对周围组织产生压迫等引起不适症状时，主要是通过定期复查腹部超声等检查，监测囊肿的大小、数量等变化情况，无需服用特定药物来消除囊肿。
囊肿合并感染时
若多发性肝囊肿合并感染，出现发热、腹痛等感染相关症状，可能会使用抗生素类药物，如头孢菌素类等抗生素来控制感染，但这只是针对感染的治疗，不能使囊肿消退。
特殊人群情况
对于儿童患者，多发性肝囊肿一般也是先观察为主，因为儿童处于生长发育阶段，药物治疗需格外谨慎，尽量优先考虑非药物的随访观察；对于老年患者，同样要根据囊肿具体情况以及身体整体状况来决定，若囊肿无明显异常，以定期复查监测为主，若有特殊情况再考虑相应处理。
需要注意的是，多发性肝囊肿的处理主要依据囊肿的大小、症状等情况来综合判断，药物治疗多是针对伴随症状或并发症，而不是直接针对囊肿本身进行治疗。