胚胎停育的原因有多种，其中染色体异常是常见原因之一，大约50% - 60%的胚胎停育与胚胎染色体异常有关，这是胚胎自身质量不佳导致的。
母体因素：
内分泌失调： 女性体内的激素水平对维持妊娠至关重要。例如，黄体功能不全时，孕激素分泌不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，可能导致胚胎停育。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能减退或亢进都可能干扰胚胎的正常发育过程。子宫异常： 子宫是胚胎着床和生长的场所。子宫畸形，如纵隔子宫等，会影响胚胎的着床空间和血供；子宫肌瘤，尤其是黏膜下子宫肌瘤，会改变宫腔内环境，阻碍胚胎发育；子宫内膜炎会破坏子宫内膜的容受性，不利于胚胎着床和发育。
父亲因素：
精子质量问题： 男性精子染色体异常会增加胚胎停育的风险。如果精子的染色体存在数目或结构异常，那么结合形成的胚胎也很可能出现染色体异常，从而导致胚胎停育。
环境因素：
化学物质接触： 孕妇长期接触某些化学物质，如苯、甲醛等有机溶剂，或者农药等，这些化学物质可能会损害胚胎，引发胚胎停育。辐射暴露： 过量的辐射，像长时间接触X射线等，会对胚胎的细胞造成损伤，影响胚胎的正常发育，增加胚胎停育的发生几率。