怀孕40天进行B超检查，不一定能看到孕囊。一般来说，怀孕40天时孕囊较小，B超可能无法清晰显示。
B超检查通常在停经5周后进行，此时可以看到孕囊，但孕囊的大小和位置可能因个体差异而异。如果受孕时间较晚，孕囊可能还未到达子宫，或者孕囊较小，B超也难以发现。
此外，宫外孕也可能导致B超检查看不到孕囊。宫外孕是指受精卵在子宫以外的部位着床，常见于输卵管。如果是宫外孕，B超检查可能无法在子宫内看到孕囊，需要进一步检查以排除宫外孕的可能。
需要注意的是，过早进行B超检查可能会因为孕囊过小而影响结果的准确性。因此，如果没有特殊情况，医生可能会建议在停经6-8周后进行B超检查，以确定孕囊的位置和发育情况。
对于一些特殊人群，如月经不规律、受孕时间不确定的女性，或者有阴道流血、腹痛等异常情况的孕妇，医生可能会根据具体情况提前进行B超检查或采取其他检查方法。
总之，怀孕40天B超能否看到孕囊因人而异，需要结合具体情况进行判断。如果对检查结果有疑问，应及时与医生沟通，以便采取进一步的措施。同时，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活，如有异常情况应及时就医。