9价疫苗常见副作用一般比较轻微，多数人在接种后24~48小时内可能出现一些反应。比如局部可能出现疼痛、红肿，大约有10%~20%的人会有这种情况；也可能出现全身症状，像乏力、头痛、发热，一般体温多在38℃以下，持续1~2天可自行缓解。
局部副作用表现
接种部位疼痛：接种9价疫苗后，约有10% - 20%的人会在接种部位感到疼痛，这种疼痛通常比较轻微，一般不需要特殊处理，1 - 2天会自行缓解。接种部位红肿：少数人接种后局部会出现红肿现象，红肿范围一般比较小，直径多在2 - 5厘米左右，也会在短期内消退。
全身副作用表现
乏力：部分接种者会感觉身体没力气，想休息，这种乏力感一般持续时间较短，1 - 3天内可恢复。头痛：约有5% - 10%的人可能出现头痛症状，头痛程度一般较轻，像轻度的胀痛，通过适当休息多数能缓解。发热：接种后可能会有发热情况，体温多在37.5℃ - 38℃之间，属于低热，一般持续1 - 2天就会自行消退，很少会超过3天。
特殊人群副作用需注意
青少年与年轻女性：青少年和年轻女性接种9价疫苗后，副作用发生情况和其他人群类似，但相对来说，年轻女性可能对局部疼痛等感觉会更敏感一些，但一般都在可耐受范围。过敏体质者：过敏体质的人接种9价疫苗后，出现副作用的风险可能会相对高一些，比如可能出现较严重的局部红肿或者全身过敏反应，不过这种情况比较罕见，一旦出现需及时就医处理。