短效避孕药可能存在一些潜在危害，比如约有1% - 2%的女性在服用短效避孕药初期会出现类早孕反应，像恶心、呕吐、头晕等，一般坚持服用2 - 3个月后会逐渐减轻或消失。
对代谢的影响
体重方面：部分女性服用短效避孕药后可能会出现体重变化，少数人会有体重增加的情况，这可能与药物中雌激素引起水钠潴留有关，但也不是所有女性都会出现，大概有5% - 10%的女性可能会有轻度体重上升。血脂影响：短效避孕药中的雌激素可能会对血脂产生一定影响，可能会使低密度脂蛋白升高，高密度脂蛋白变化不大，不过这种影响一般是短期的，停药后多数能恢复，但对于本身有血脂异常家族史的女性，需要更密切监测血脂情况。
对生殖系统的影响
停药后受孕：停药后一般不影响长期的生育能力，通常停药后下个月就可以正常受孕，而且有研究显示，服用短效避孕药后停药，怀孕时胎儿出现畸形的风险并不比未服用避孕药的女性高。不过在停药后的短时间内，可能会出现月经暂时紊乱的情况，大约有10% - 15%的女性会有1 - 2个月经周期的经期改变。对宫颈黏液的影响：短效避孕药会使宫颈黏液变稠，不利于精子穿透，从而起到避孕作用，但这也可能在一定程度上增加阴道感染的风险，因为黏稠的宫颈黏液可能会影响阴道内环境的自净。
对心血管系统的影响
血栓风险：虽然短效避孕药导致血栓的风险相对较低，但对于有吸烟习惯的女性（每天吸烟超过15支）、有高血压病史且血压控制不佳的女性、有静脉血栓病史的女性等，服用短效避孕药会增加静脉血栓形成的风险，一般发生率约为每年每10000名使用者中有3 - 9例静脉血栓事件。对血压的影响：少数女性服用短效避孕药后可能会出现血压轻度升高的情况，大约有1% - 3%的女性会有这种现象，不过停药后多数人的血压能恢复到正常水平。