无痛胃镜的副作用相对较小，但也可能存在一些情况。一般来说，无痛胃镜的副作用发生率较低，大约在1%~2%左右。
麻醉相关副作用
药物过敏风险： 少数人可能对无痛胃镜所使用的麻醉药物过敏，不过这种情况比较罕见。在检查前医生会详细询问过敏史来尽量规避。呼吸抑制风险： 虽然现在有完善的监测和急救措施，但仍有极个别体质特殊的人可能出现短暂的呼吸抑制，不过在正规操作下这种情况发生概率极低。
检查后可能出现的不适
咽喉不适： 检查后短时间内可能会有咽喉部的轻微不适，比如疼痛、异物感等，一般1~2天就会自行缓解。这是因为检查时胃镜通过咽喉部造成了一定刺激。头晕乏力： 由于麻醉药物的残留影响，部分人在检查后会有短暂的头晕、乏力感，通常休息2~4小时后就能恢复正常，期间要避免开车等需要高度集中注意力的活动。
对身体其他方面的影响
心血管影响： 对于本身有心血管基础疾病的患者，无痛胃镜使用麻醉药物可能会对心血管系统有一定影响，不过正规操作下会密切监测心率、血压等指标，将风险控制在很低的范围。比如有冠心病的患者，检查前医生会评估是否适合进行无痛胃镜检查。胃肠道影响： 一般情况下无痛胃镜对胃肠道本身不会造成明显的副作用，但如果在检查过程中进行了活检等操作，可能会有少量胃肠道出血等情况，但这种情况非常少见，而且医生会根据情况进行相应处理。