健身后肩关节疼痛的原因可能是：
1.运动过度：健身时如果运动量过大、运动强度过高，可能会导致肩关节周围的肌肉、肌腱、韧带等组织受到过度牵拉或损伤，从而引起疼痛。
2.姿势不正确：在健身过程中，如果姿势不正确，比如过度旋转、过度伸展或过度内收肩关节，可能会导致肩关节的稳定性下降，进而引起疼痛。
3.肩部肌肉紧张：如果在健身前没有进行充分的热身运动，或者在健身后没有进行适当的拉伸放松，可能会导致肩部肌肉紧张，血液循环不畅，从而引起疼痛。
4.肩部疾病：如果本身就患有肩周炎、肩袖损伤等肩部疾病，在健身时可能会导致病情加重，从而引起疼痛。
5.其他原因：如颈椎病、心脏疾病等，也可能会引起肩部放射性疼痛。
如果健身后出现肩关节疼痛，可以采取以下措施：
1.休息：停止健身活动，让肩关节得到充分的休息。
2.冷敷：用冰袋或冷毛巾敷在疼痛的部位，每次15-20分钟，每天数次，可以缓解疼痛和肿胀。
3.热敷：用热毛巾或热水袋敷在疼痛的部位，每次15-20分钟，每天数次，可以促进血液循环，缓解疼痛。
4.按摩：轻轻按摩疼痛的部位，可以缓解肌肉紧张，促进血液循环。
5.药物治疗：如果疼痛较为严重，可以在医生的指导下服用非甾体抗炎药，如布洛芬、阿司匹林等。
6.物理治疗：如超声波、电疗、磁疗等，可以缓解疼痛，促进恢复。
7.就医检查：如果疼痛持续时间较长、症状加重或伴有其他不适症状，应及时就医，进行详细的检查，以确定病因，并采取相应的治疗措施。
需要注意的是，在健身时应注意正确的姿势和方法，避免过度运动和过度劳累。如果本身就患有肩部疾病或其他疾病，应在医生的指导下进行健身活动。如果疼痛持续时间较长或症状加重，应及时就医，以免延误病情。