囟门闭合晚的原因主要有以下几点：
1.遗传因素：囟门闭合时间与家族遗传有一定关系，如果父母或其他近亲囟门闭合时间较晚，孩子也可能会出现类似情况。
2.维生素D缺乏性佝偻病：由于维生素D缺乏，导致钙磷代谢异常，会影响囟门的闭合。除了囟门闭合晚，还可能伴有方颅、鸡胸、漏斗胸、“O”形腿或“X”形腿等骨骼畸形。
3.脑积水：由于脑脊液循环障碍，颅内压升高，可导致囟门饱满、张力增高，同时可能伴有抽搐、智力发育落后等症状。
4.呆小症：由于甲状腺激素分泌不足，影响中枢神经系统的发育，可导致囟门闭合延迟，同时还可能伴有生长发育迟缓、智力低下等症状。
5.其他：一些先天性疾病，如先天性肾上腺皮质增生症、软骨发育不良等，也可能导致囟门闭合晚。
如果发现孩子囟门闭合晚，应及时带孩子到医院就诊，进行相关检查，如维生素D测定、甲状腺功能测定、头颅B超或CT等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，家长应注意给孩子补充维生素D和钙剂，多晒太阳，促进钙的吸收。