三个月的宝宝大便有黏液，可能是以下原因引起的：
1.正常现象：宝宝的肠道功能尚未完全发育成熟，大便中出现少量黏液是正常的。
2.消化不良：如果宝宝吃了过多的奶或食物，导致消化不良，也可能出现大便有黏液的情况。
3.感染：宝宝肠道受到细菌、病毒或其他微生物感染时，会导致炎症反应，从而使大便中出现黏液。
4.过敏：宝宝对某些食物或物质过敏，也可能引起肠道炎症，导致大便有黏液。
5.肠道疾病：如炎症性肠病、肠套叠等肠道疾病也可能导致宝宝大便有黏液。
如果宝宝大便有黏液的情况持续时间较长或伴有其他症状，如腹泻、呕吐、发热等，建议及时就医，以便明确病因并进行相应的治疗。同时，家长在照顾宝宝时，应注意保持宝宝的饮食卫生，避免过度喂养，注意观察宝宝的大便情况，如有异常应及时就医。