先天性甲状腺功能减低症的治疗方法主要是甲状腺素替代治疗，一旦确诊，应立即开始治疗，且治疗越早，对脑发育越有利。具体治疗方法如下：
1.左旋甲状腺素钠片：是治疗先天性甲状腺功能减低症的首选药物，初始剂量应根据患儿的年龄、体重和病情轻重而定。一般从小剂量开始，逐渐增加剂量，直至达到维持剂量。维持剂量应根据患儿的甲状腺功能、生长发育情况和年龄进行调整。
2.定期监测：治疗期间应定期监测患儿的甲状腺功能，根据甲状腺功能的结果调整药物剂量。同时，还应定期监测患儿的生长发育情况，以确保治疗效果。
3.饮食调整：患儿应适当增加富含碘的食物，如海带、紫菜等，以促进甲状腺的发育和功能恢复。
4.其他治疗：对于一些先天性甲状腺功能减低症患儿，可能需要同时进行其他治疗，如补充钙剂、维生素D等，以预防佝偻病的发生。
需要注意的是，先天性甲状腺功能减低症患儿需要终身服用甲状腺素替代治疗，不能擅自停药或减量。同时，家长应密切关注患儿的生长发育情况，如有异常应及时就医。