妇科方面原因
女性小腹两侧隐痛可能与妇科疾病有关，如附件炎，多因病原体感染输卵管、卵巢等附件部位引发炎症，可出现小腹两侧隐痛，还可能伴有白带异常等表现；另外，盆腔炎也可能导致小腹两侧隐隐作痛，通常是盆腔内存在炎症刺激引起，可能与经期卫生不良等因素相关。
肠道问题导致
肠道方面的问题也可能引起小腹两侧隐痛，比如乙状结肠炎症，炎症刺激肠道黏膜可出现小腹两侧隐痛，常伴有腹泻、腹胀等肠道功能紊乱的表现；还有可能是肠道痉挛，饮食不当、腹部着凉等都可能引发肠道痉挛，导致小腹两侧隐隐疼。
泌尿系统因素
泌尿系统的问题也不能忽视，像输尿管结石，当结石在输尿管内移动时，可能会引起小腹两侧隐隐的疼痛，还可能伴有血尿、尿频、尿急等症状；膀胱炎也可能出现小腹两侧隐痛，一般是膀胱受到细菌等病原体感染所致，常伴有排尿不适等表现。
肌肉骨骼问题
小腹两侧的肌肉、骨骼等出现问题也会引起隐痛，比如运动过度导致的肌肉拉伤，长时间不运动后突然剧烈运动，可能使小腹两侧肌肉拉伤，出现隐痛；还有腰椎间盘突出等脊柱问题，也可能放射至小腹两侧引起疼痛。