核磁共振检查本身一般不会对人体造成危害，但在某些特殊情况下可能存在一些需要注意的方面。目前大量临床研究表明，正常频率和参数设置下的核磁共振检查，其产生的辐射等因素对人体健康的影响极小，一般单次检查接受的辐射剂量远远低于可能对人体产生危害的阈值。
检查环境相关情况
检查磁场影响： 核磁共振依靠强大的磁场工作，但这种磁场是静态的，不会对人体产生如电离辐射那样的危害。不过，体内如果有心脏起搏器、金属假体（如人工髋关节等）的人群是不能进行核磁共振检查的，因为强磁场可能会干扰这些植入物的正常功能。检查噪声问题： 核磁共振检查时会产生较大的噪声，一般在80 - 100分贝左右。长时间暴露在这样的噪声环境中可能会对听力有一定影响，所以检查时通常会给受检者配备耳塞等防护用具来降低噪声影响。
特殊人群的考量
孕妇情况： 一般来说，妊娠3个月内的孕妇应避免进行核磁共振检查，但如果是妊娠3个月以上的孕妇，在病情需要时是可以进行安全的核磁共振检查的。因为目前大量研究显示，规范的核磁共振检查对胎儿的影响非常小，远低于可能存在的风险收益比。儿童情况： 对于儿童进行核磁共振检查，通常需要在镇静的情况下进行，尤其是不配合的儿童。这是因为儿童在检查过程中需要保持静止不动，否则会影响图像质量。但镇静药物的使用需要严格掌握适应证和剂量，以确保儿童的安全。
检查前准备注意
体内有金属异物： 检查前一定要详细告知医生体内是否有金属异物，包括假牙、金属节育环等。如果有金属异物，可能会在磁场作用下发生移位，从而对身体造成损伤。比如金属节育环如果在磁场中移位，可能会导致子宫等器官的损伤。穿着方面： 受检者在检查前要去除身上所有含金属的物品，如项链、手链、皮带扣等，因为这些金属物品会影响磁场的均匀性，也可能在磁场中被吸附，造成危险。