甲硝唑可能引发多种不良反应。常见的有消化道反应，如恶心、呕吐等，一般在用药过程中出现，可能影响患者的进食意愿。
神经系统反应
部分人服用后会出现头痛、眩晕等情况，这可能会干扰日常的工作和生活，对于从事需要高度集中注意力工作的人群影响较大。
过敏反应
少数人会发生过敏，表现为皮疹、瘙痒等，严重时可能出现过敏性休克，这是较为危险的情况，需高度警惕。
血液系统反应
偶尔会导致白细胞减少等血液系统异常，会使机体的抵抗力下降，增加感染的风险，尤其对于本身免疫力较低的人群更需留意。
对于特殊人群，孕妇及哺乳期女性应避免使用甲硝唑，因为它可能对胎儿或婴儿产生不良影响；有中枢神经系统疾病的患者使用时需谨慎，因为可能加重神经系统症状；老年人使用时要密切观察不良反应，因其身体机能下降，对药物的耐受和反应可能与年轻人不同。