三个月宝宝大便有血丝，可能是肛裂、肠炎、牛奶蛋白过敏等引起的，治疗方法因病因而异，以下是一些可能的治疗方法：
1.肛裂：如果宝宝的肛门周围有裂口，可能会导致大便带血。这种情况下，医生可能会建议家长在宝宝每次便后用温水清洗肛门，然后涂抹一些抗生素软膏。同时，要保持宝宝的肛门周围干燥和清洁，避免摩擦。
2.肠炎：如果宝宝的大便中有脓血，可能是肠炎引起的。这种情况下，医生可能会开一些抗生素来治疗肠炎。同时，要注意给宝宝补充足够的水分，以防止脱水。
3.牛奶蛋白过敏：如果宝宝是母乳喂养，妈妈可能需要调整饮食，避免食用牛奶蛋白。如果宝宝是配方奶喂养，可能需要更换为深度水解蛋白或氨基酸配方奶。
4.其他：如果宝宝的大便带血持续时间较长，或者伴有其他症状，如发热、呕吐、腹痛等，家长应该及时带宝宝去看医生，以便明确病因并进行相应的治疗。
需要注意的是，以上内容仅供参考，具体治疗方法应根据宝宝的具体情况而定。如果家长对宝宝的大便情况感到担忧，应该及时咨询医生的意见。