奥美拉唑肠溶胶囊是常用的抑制胃酸药物，不过它也有一些副作用。一般来说，部分人服用后可能会出现头痛、腹泻等较轻的反应。
消化系统方面的副作用
胃肠道不适： 有些人服用后可能会出现腹痛、腹胀的情况，个别人还可能有恶心、呕吐的表现。比如有研究发现，约2% - 3%的人会出现轻度的腹痛症状。便秘或腹泻： 少数人服用后会出现便秘或者腹泻的情况，腹泻一般程度较轻，多为每日几次的稀便，但也有个别人腹泻较为明显。
神经系统方面的副作用
头痛： 大概有1% - 5%的人服用后会出现头痛症状，头痛程度一般较轻，多为轻度到中度的头痛，不影响日常生活的人相对较多，但也有少数人头痛较为明显，需要关注。头晕： 部分人可能会出现头晕的情况，不过通常程度较轻，一般不影响正常的活动，但如果头晕较为严重，就需要引起注意。
其他方面的副作用
过敏反应： 虽然比较少见，但也有个别人会对奥美拉唑肠溶胶囊过敏，出现皮疹、瘙痒等过敏表现，严重的可能会出现过敏性休克，但这种情况发生概率极低。肝酶升高： 极少数人服用后可能会出现肝酶升高的情况，不过一般是轻度升高，在停药后大多可以恢复正常，但如果发现肝酶持续升高，就需要及时就医检查。需要注意的是，不同的人对奥美拉唑肠溶胶囊的耐受性不同，出现副作用的情况也不一样。如果在服用过程中出现较为明显或者持续不缓解的副作用，应及时就医，由医生根据具体情况来决定是否需要调整用药。