核磁共振和CT都是常见的影像学检查方法，但它们有诸多区别。一般来说，CT检查的费用相对较低，普通CT平扫大概在200~500元左右，而核磁共振检查费用较高，普通核磁共振平扫可能在300~1500元不等，具体因地区和设备不同有差异。
成像原理：
CT： 是利用X射线对人体进行断层扫描，通过探测器接收透过人体的X射线，转变为可见光后，由光电转换器转变为电信号，再经模拟/数字转换器转为数字信号，输入计算机处理。它是利用X射线的衰减差异来成像。核磁共振： 则是利用人体内的氢原子核在强磁场内被射频脉冲激发后产生磁共振现象，经过信号采集和计算机处理而获得图像。它是依靠氢原子在磁场中的信号差异来成像。
适用范围：
CT： 对于骨骼、肺部等部位的病变检测比较敏感，像骨折、肺部的钙化灶、肺结节等情况，CT能较快地发现。比如怀疑有骨折时，CT可以清晰显示骨折线的情况。而且对于急性出血性病变，CT也能很好地呈现。核磁共振： 对软组织的分辨力比CT高，像脑部的软组织、脊髓、关节软骨等部位的病变，核磁共振更有优势。比如脑部的肿瘤、脊髓的病变、膝关节半月板的损伤等，核磁共振能更清晰地显示病变细节。对于一些血管病变，比如脑血管畸形等，核磁共振的血管成像（MRA）也能较好地显示。
辐射情况：
CT： 会涉及X射线辐射，有一定的辐射剂量。一般来说，多次频繁的CT检查可能会增加辐射致癌的潜在风险。不过单次的CT检查辐射剂量在安全范围内，但孕妇等特殊人群要谨慎进行CT检查。核磁共振： 不存在辐射，是通过磁场和射频脉冲成像，对人体没有辐射危害，所以孕妇、儿童等特殊人群相对更适合做核磁共振检查，但体内有金属植入物（如心脏起搏器、金属关节等）的患者需要先评估是否能进行核磁共振检查，因为强磁场可能会影响金属植入物的位置或功能。