先天性心脏病并非绝对的遗传病，但有一定遗传倾向。据统计，约5%的先天性心脏病患儿是由于遗传因素导致，比如染色体异常等遗传因素可增加患病风险。
遗传因素的影响
染色体异常相关： 某些染色体数目或结构的异常，如21 - 三体综合征（唐氏综合征）患儿，常合并先天性心脏病，其染色体的异常改变是导致患病的重要遗传因素之一。单基因遗传病变： 存在一些单基因的遗传病变，会增加患先天性心脏病的几率。例如，某些编码心脏结构蛋白的基因发生突变，可能影响心脏的正常发育，从而引发先天性心脏病。
环境因素的作用
母体孕期感染： 母亲在孕期感染风疹病毒等，可能会影响胎儿心脏的发育，增加胎儿患先天性心脏病的风险。一般在怀孕早期（妊娠前3个月）感染风疹病毒，对胎儿心脏发育的影响较大。孕期接触有害物质： 孕期接触放射性物质、某些药物等有害物质，也可能干扰胎儿心脏的正常形成。比如孕期长期接触大剂量的放射性物质，会增加胎儿发生先天性心脏病的可能性。
遗传与环境共同作用
多因素交互影响： 先天性心脏病往往是遗传因素和环境因素共同作用的结果。即使有遗传易感性，如果孕期环境因素良好，可能不会发病；反之，若遗传基础存在，再加上不良环境因素的叠加，就更容易导致先天性心脏病的发生。例如，有先天性心脏病家族史的孕妇，如果能避免孕期感染、远离有害物质等不良环境因素，胎儿患先天性心脏病的风险会相对降低。