阴茎萎缩可能由多种原因引起。一般来说，随着年龄增长，男性到了一定阶段可能会出现生理性阴茎萎缩，通常50岁以上男性可能会有一定程度的阴茎萎缩变化。
生理性因素导致
年龄相关：随着年龄增长，男性体内激素水平会发生变化，尤其是雄激素水平逐渐降低，这可能会导致阴茎海绵体组织发生一定的退变，从而出现阴茎萎缩的情况。一般男性进入中年以后这种变化会逐渐显现。衰老过程：人体整体的衰老过程也会影响到生殖器官，包括阴茎，细胞的功能和代谢逐渐下降，组织弹性等也会变差，进而可能导致阴茎出现萎缩现象。
疾病因素影响
内分泌疾病：例如垂体功能减退症，垂体是调节内分泌的重要器官，如果垂体功能出现问题，会影响到雄激素等激素的分泌，而雄激素对维持阴茎的正常发育和功能很重要，长期雄激素分泌不足就可能引起阴茎萎缩。还有甲状腺功能减退症，甲状腺激素分泌不足也会影响全身的代谢和内分泌平衡，间接影响阴茎的状态。慢性疾病：像糖尿病，如果长期血糖控制不佳，会引起血管和神经的病变，阴茎的血管和神经受到影响后，会影响阴茎的血液供应和正常生理功能，时间久了可能导致阴茎萎缩。另外，严重的肾功能衰竭患者，身体的代谢紊乱等情况也可能影响到生殖器官，导致阴茎萎缩。
外伤或手术原因
严重外伤：如果阴茎受到严重的外伤，比如车祸伤、暴力损伤等，导致阴茎的海绵体等组织严重受损，在修复过程中可能会出现组织缺失、纤维化等情况，从而引起阴茎萎缩。例如阴茎受到挤压伤后，局部组织受损严重，恢复后可能影响阴茎的正常形态和体积。手术影响：某些阴茎部位的手术，如阴茎癌根治术等，手术过程中可能会切除部分阴茎组织，术后就会导致阴茎明显萎缩。还有一些尿道手术等，如果操作不当影响到阴茎的血液供应或结构，也可能引起阴茎萎缩。