咳嗽时肚子疼可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的原因：
1.腹部肌肉紧张：咳嗽时，腹部肌肉会收缩以协助咳嗽。如果腹部肌肉过于紧张或用力不当，可能会导致肚子疼。
2.牵涉痛：咳嗽可能引起腹部牵涉痛，这是因为腹部和胸部的神经有一定的关联。咳嗽时，胸部的神经受到刺激，可能会引起腹部的不适感。
3.腹部疾病：某些腹部疾病，如胃炎、胃溃疡、肠炎、肠痉挛等，可能在咳嗽时加重，导致肚子疼。
4.胸部疾病：严重的咳嗽可能导致胸部和腹部的压力变化，从而影响腹部器官的功能，引起肚子疼。
5.药物副作用：某些治疗咳嗽的药物可能会引起胃肠道不适，导致肚子疼。
如果咳嗽时肚子疼的症状持续或加重，或伴有其他不适，如发热、呼吸困难、呕吐等，建议及时就医，进行详细的身体检查和相关的实验室检查，以确定具体的病因，并采取相应的治疗措施。
在治疗方面，医生可能会根据病因给予相应的治疗。以下是一些常用的治疗咳嗽的药物：
1.止咳药：如右美沙芬、可待因等，可以缓解咳嗽症状。
2.祛痰药：如氨溴索、溴己新等，可以帮助痰液咳出，减轻咳嗽。
3.抗生素：如果咳嗽是由细菌感染引起的，医生可能会开具抗生素进行治疗。
4.抗组胺药：对于咳嗽变异性哮喘等疾病引起的咳嗽，可能会使用抗组胺药治疗。
需要注意的是，药物的使用应在医生的指导下进行，严格按照医嘱用药，避免自行增减剂量或更换药物。同时，在咳嗽期间，应注意休息，避免过度劳累，保持室内空气流通，避免吸烟等刺激物。饮食上应选择易消化、营养丰富的食物，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物。