头颅核磁共振和头颅CT都是对颅脑诊断的检查方式。两者的侧重点是不同的，对不同的疾病而言，优势不同。头颅ct相对来说比较便捷、简单方便，对于各种类型的脑部疾病，可以快速的进行诊断，尤其是对外伤以及脑出血的病人，可以第一时间发现是否有颅底骨折、脑挫裂伤、颅内出血，指导下一步的治疗。
不过对于缺血性脑血管病来说，早期的阴性率较高，对于新发的责任病灶，24小时以内不能显示。头颅核磁共振，从价格的角度看较为昂贵，操作的时间较长，不太便利，不过核磁共振的清晰度较高，能在第一时间发现责任病灶。
同时对颅内血管病变可以进行粗略的评估，具有无创性的特点，目前许多脑部疾病都需要进行核磁共振的检查，能够第一时间明确病灶的部位，了解病变的性质，指导下一步的治疗。